Waarom een plotse upgrade naar centos 7.1? Heb je het kunnen testen met een testomgeving?
Draai je DA met costumbuild? Indien ja kan je die even allemaal herinstalleren of updaten.
Popb4smtp is iets wat gebruikt wordt samen met exim. Let er wel op dat die configs goed staan of anderen kunnen dit misbruiken.
Indien je lfd faalt, is het best dat je de logs eens bekijkt van je firewall. Daar kan je meer te weten komen. Indien je de logs niet begrijpt kan je ze posten en we kijken er gezamelijk naar.
Zoals ik al eerder zei op Skype. Is het beter om eerst je firewall en verdere "standaard" programmas op je VPS terug in orde te zetten en dan pas te kijken voor je Letsencrypt. Misschien gaat die vanzelf terug werken als al de rest terug in orde staat.