Raar! Misschien dat je FTP programma in een andere codering ingesteld stond.

Ik zou je aanraden om het CDN netwerk te gebruiken voor Bootstrap & jQuery omdat:

1. Het CDN netwerk wordt op vele honderden dan wel duizenden websites gebruikt, en de kans is groot dat een bezoeker deze al eerder heeft gedownload. Omdat de browser van de bezoeker het bestand van het zelfde CDN netwerk af zou moeten halen, is de kans groot dat deze al gecached is op de bezoekers zijn machine omdat deze al eerder is gedownload. Dit versnelt de laadtijd van je website.
2. Stel een bezoeker komt uit een land ver van de server vandaan waar je website gehost wordt. Het CDN netwerk kies over het algemeen de server het dichtste bij de bezoeker, waardoor laadtijden versnelt worden.
3. Het scheelt jou requests, data transfer, etc. Maar het zorgt ook voor een cookie-less domain. Ik zag namelijk dat je het advertentie netwerk van google gebruikt, die volgens mij cookies set.
4. Je loopt niet tegen het zelfde probleem aan wat je nu had. Natuurlijk kan het met andere files gebeuren, maar ik gok dat de Bootstrap en jQuery files de laatste plek is waar je opzoek bent gegaan.