Ik denk dat de snelste oplossing gewoon een herinstallatie is, en dan gewoon meteen CentOS 7 met DA erop knallen.

Dergelijke problemen gebeuren volgens mij vaker met zulke versie upgrades omdat DA speciaal ingesteld is op het OS en de versie die je draait. Correct me if i'm wrong, maar ik heb het wel een paar keer meegemaakt.

Herinstallatie lijkt me geen probleem, in DA kan je (hopelijk nog) prima een backup draaien van je /home of je DA system als backup.

Melding 2 lijkt me firewall gerelateerd te zijn.

Heb je de onderstaande command wel uitgevoerd zodat het binnen je configuratie zit?

./build letsencrypt
./build rewrite_confs

Waarom een plotse upgrade naar centos 7.1? Heb je het kunnen testen met een testomgeving?

Draai je DA met costumbuild? Indien ja kan je die even allemaal herinstalleren of updaten.

Popb4smtp is iets wat gebruikt wordt samen met exim. Let er wel op dat die configs goed staan of anderen kunnen dit misbruiken.

Indien je lfd faalt, is het best dat je de logs eens bekijkt van je firewall. Daar kan je meer te weten komen. Indien je de logs niet begrijpt kan je ze posten en we kijken er gezamelijk naar.

Zoals ik al eerder zei op Skype. Is het beter om eerst je firewall en verdere "standaard" programmas op je VPS terug in orde te zetten en dan pas te kijken voor je Letsencrypt. Misschien gaat die vanzelf terug werken als al de rest terug in orde staat.